「相づち」として使われている
という所です。
「相づち」ですので、「本当ですか？」という言葉であっても、そこには、
「へ～、そうなんですか～」 あるいは、 「へ～、そうなんだ～」
という意味合いで使われていると思います。
そして、さらに最近では、この「本当ですか？」というニュアンスが、言葉に出さない、
ありがとう！
という意味合いで使われているケースがとても多くなってきているとも感じます。
では、ここで一つのケースをご紹介致します。
これはコンビニでの、とある会話です。
お客さん：「ちょっと、トイレを借りたいんだけど、トイレってこのコンビニにありますか？」
コンビニ店員：「ありますよ。どうぞご自由にお使い下さい！」
お客さん：「本当ですか？」
このケースでの「本当ですか？」の趣旨は、
ありがとう！
という意味で使われているかと思います。
このような会話は他のケースでも多々見られると思いますし、皆さん自身も何か思い当たるケースはありませんでしょうか？
そして、もし、皆さん自身が上記のコンビニ店員の立場であれば、どう思い、どう感じるでしょうか？
もしかしたら、少し穿（うが）った見方をすれば、
「トイレはありますよ。なので、どうぞご自由にお使い下さい！」 と伝えているにも関わらず、
「本当ですか？」 と再度、逆に聞かれてしまった時、おそらく、少し虫の居所が悪い時などには、何かモヤッ～としたものを感じるのではないでしょうか？
そして、ここでのお客さんが使っている「本当ですか？」の真意としては、
相づちとしての「トイレはあるんですね」、そして、お礼の意味での「ありがとう」
ということになっているのであろうと思われますが、、、、、
そして、もう皆さんもお分かりかと思いますが、ここでの「本当ですか？」を使っている当の本人としては、
悪気も悪意も全くない！
という点です。
先ほど述べたように、私も世間一般的には中年のおじさんの範疇ですので、今回の「本当ですか？」という言葉が気になったのかもしれません（笑）
ただ、少なくとも私が２０代や３０代前半の頃には、このような使われ方はされていなかったようにも感じています。
そして、このような言葉の持つ新たなニュアンスを理解してくれている方に言葉掛けをする分には問題にはならないでしょうが、
世代が離れている場合には、些細な事でありながらも、無用なトラブルの元にもなり得る・・・？ かも・・・
という心配を私自身は感じてしまいます。
そして、些細な事でありながらも、無用なトラブルとは、例えば、
（真剣に相談に乗ってアドバイスをしたにも関わらず）
「本当ですか？」 と言われた側は、その言葉の真意を、
「本当ですか？ 嘘でしょ～！」 と捉えて気を悪くするケースもある・・・
かもしれないという点です。
当然のことながら、「本当ですか？」という言葉を使った本人にとっては、単なる「相づち」であったり、時には「お礼」として使っているつもりですので、
何故、相手が気を悪くしたのか、考えても理由が分からない・・・
という事に、もしかしたらなってしまうかもしれません。
今回のテーマのような言葉のニュアンスの違いというのは、身近な関係においては誤解を解くことでトラブルも防げる事と思います。
が、しかし、最近では、
ＴＶのニュースなどでインタビューをする側が、「本当ですか？」と話すのを頻繁に目にするようになってきた
という傾向が多々見受けられます。
例えば、あなたが次のようにインタビューを受けたとします。